研究面では、消化管粘膜免疫制御機構と組織再生機構に関わる独自の基礎研究に基づいた炎症性腸疾患の新規治療開発、ウイルス学・免疫学的アプローチによる基礎研究と慢性肝炎の進展阻止を目指した臨床研究、および新規抗癌剤治療による消化器癌治療に関わる臨床研究など、臨床の場から課題を抽出して研究を展開し、最終的には臨床現場に還元する「クリニカル・サイエンス」を追求する。
上記のように非常に多岐にわたっており、国内外の他施設との共同研究も多数行っている。一人一人が臨床も研究も共に一流である事をモットーとしており、研究指導は暖かいけれど厳しい。「臨床でも研究でも、一流ジャーナルに論文が書けます！」と掲げてきた目標も達成されており、この10年で英文205報、その内37報がImpact Factor 7以上のいわゆる一流紙である。
Yui S, Nakamura T, Sato T, Nemoto Y, Mizutani T, Zheng X, Ichinose S, Nagaishi T, Okamoto R, Tsuchiya K, Clevers H, Watanabe M: Functional engraftment of colon epithelium expanded in vitro from a single adult Lgr5+ stem cell. Nature Med. 18:618-623,2012.
Nemoto Y, Kanai T, Shinohara T, Ito T, Nakamura T, Okamoto R, Tsuchiya K, Lipp M, Eishi Y, Watanabe M: Luminal CD4+ T cells penetrate gut epithelial monolayers and egress from lamina propria to blood circulation. Gastroenterology. 141: 2130-2139, 2011.
Tanaka Y, Nishida N, Sugiyama M, Kurosaki M, Matsuura K, Sakamoto N, Nakagawa M, Izumi N, Tokunaga K, Mizokami M et.al. Genome-wide association of IL28B with response to pegylated interferon-alpha and ribavirin therapy for chronic hepatitis C. Nature Genet. 41:1105-1109,2009.
Tsuchiya K, Nakamura T, Okamoto R, Kanai T, Watanabe M: Reciprocal targeting of Hath1 and b-catenin by Wnt- glycogen synthase kinase 3 b in colonocyte differentiation and proliferation. Gastroenterology. 132: 208-220, 2007.
Damaged epithelia regenerated by bone marrow-derived cells in the human gastrointestinal tract. Okamoto R, Yajima T, Yamazaki M, Kanai T, Mukai M, Okamoto S, Ikeda Y, Hibi T, Inazawa J, Watanabe M: Damaged epithelia regenerated by bone marrow-derived cells in the human gastrointestinal tract. Nature Med. 8:1011-1017, 2002.
Fordham RP, Yui S, Hannan NR, Soendergaard C, Madgwick A, Schweiger PJ, Nielsen OH, Vallier L, Pedersen RA, Nakamura T, Watanabe M, Jensen KB:Transplantation of expanded fetal intestinal progenitors contributes to colon regeneration after injury. Cell Stem Cell. 13:734-44, 2013
